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Run: ERR4822114
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Run ID: ERR4822114

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Date: 01-04-2023 17:38:49

Number of reads: 3206681

Percentage reads mapped: 98.1

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417233 c.115C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472564 n.719A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472664 n.819A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473107 n.1262G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473116 n.1271A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473292 n.1450G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475170 n.1513A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475696 n.2039T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475703 n.2046A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475706 n.2049A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475763 n.2107_2108delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2101982 p.Ala354Val missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448478 c.-25delG upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338545 c.-24G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407976 p.Gly76Asp missense_variant 1.0