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Run: ERR4830479
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Run ID: ERR4830479

Sample name:

Date: 01-04-2023 20:13:51

Number of reads: 2086383

Percentage reads mapped: 59.15

Strain: lineage1.2.2.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 1.0
lineage1.2.2.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Phe missense_variant 0.5 rifampicin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6390 p.Val384Ala missense_variant 0.1
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491060 p.Met93Thr missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.33
mshA 576486 p.Ala380Val missense_variant 1.0
ccsA 620659 p.Arg257Cys missense_variant 1.0
rpoB 761228 p.Tyr474* stop_gained 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775774 p.Met903Val missense_variant 0.2
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776769 p.Ile571Asp missense_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800899 p.Ala31Thr missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471842 n.-4T>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472972 n.1127T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472974 n.1130_1133delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473054 n.1209C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473070 n.1225G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475951 n.2294G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102526 c.511_516delCTGACA conservative_inframe_deletion 0.29
ndh 2103000 p.His15Tyr missense_variant 0.15
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167861 p.Gly918Ser missense_variant 0.11
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288948 c.294C>A synonymous_variant 0.15
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
ribD 2986985 p.Leu49Phe missense_variant 0.17
thyX 3068115 c.-170C>T upstream_gene_variant 1.0
thyA 3074034 c.438T>C synonymous_variant 1.0
ald 3086709 c.-111G>T upstream_gene_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.13
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
Rv3083 3448845 p.Cys114* stop_gained 0.13
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
fbiA 3640910 c.373delC frameshift_variant 0.13
rpoA 3878502 c.6G>T synonymous_variant 0.12
rpoA 3878516 c.-9A>T upstream_gene_variant 0.13
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
panD 4044442 c.-161C>A upstream_gene_variant 0.11
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4240750 c.888C>T synonymous_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.44
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4268064 p.Ser258Leu missense_variant 0.35
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326439 p.Asn345Lys missense_variant 1.0
ethR 4327450 c.-99G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0