Run ID: ERR6197041
Sample name:
Date: 02-04-2023 01:50:21
Number of reads: 4925396
Percentage reads mapped: 95.88
Strain: lineage4.3.4.2
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.98 | rifampicin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288852 | c.375_389delCGATGAGGTCGATGT | disruptive_inframe_deletion | 1.0 | pyrazinamide |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6140 | p.Val301Leu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 762989 | c.-381G>C | upstream_gene_variant | 0.1 |
rpoB | 763005 | p.Cys1067Gly | missense_variant | 0.1 |
rpoC | 763053 | c.-317T>C | upstream_gene_variant | 0.1 |
rpoC | 764918 | p.Val517Leu | missense_variant | 0.98 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 0.99 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472235 | n.390G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472240 | n.395G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472242 | n.397C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
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rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
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rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
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rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
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rrl | 1475877 | n.2220C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
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rrl | 1475897 | n.2240T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475900 | n.2243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475902 | n.2245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrl | 1476160 | n.2503T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
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rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrl | 1476573 | n.2916A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476580 | n.2923G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476585 | n.2928A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rpsA | 1833469 | c.-73G>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 0.99 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 0.99 |
alr | 3840719 | c.702A>G | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 0.99 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407970 | p.Pro78Leu | missense_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |