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Run: SRR1173834
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Run ID: SRR1173834

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:32:37

Number of reads: 1478387

Percentage reads mapped: 93.81

Strain: lineage4.6.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.1 Euro-American (Uganda) T2 RD724 1.0
lineage4.6.1.1 Euro-American T2-Uganda RD724 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7539 p.Thr80Ala missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474806 n.1149A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474822 n.1165G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474905 n.1248T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475697 n.2040C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476519 n.2862C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476534 n.2877A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518614 p.Pro167Gln missense_variant 0.11
ribD 2987451 c.614_616delGTG disruptive_inframe_deletion 0.1
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328329 c.-856C>G upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0