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Run: SRR18213800
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Run ID: SRR18213800

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:29:47

Number of reads: 1351160

Percentage reads mapped: 80.1

Strain: lineage3.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.98
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475552 n.1895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475752 n.2095C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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