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Run: SRR2101625
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Run ID: SRR2101625

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:49:34

Number of reads: 483688

Percentage reads mapped: 86.76

Strain: lineage4.1.2;lineage3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.07
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.89
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.83
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 0.22
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.84
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethR 4327876 p.Phe110Leu missense_variant 0.75 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5049 c.-191A>G upstream_gene_variant 0.2
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.82
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.16
ccsA 619751 c.-140G>T upstream_gene_variant 0.12
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 0.82
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.23
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.9
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775646 c.2835A>G synonymous_variant 0.11
mmpS5 779501 c.-596T>C upstream_gene_variant 0.1
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800889 c.81C>A synonymous_variant 0.79
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
fabG1 1673334 c.-106A>G upstream_gene_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102531 p.Leu171Pro missense_variant 0.12
ndh 2103174 c.-132G>A upstream_gene_variant 0.11
katG 2154590 p.Asn508Asp missense_variant 0.12
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.22
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.31
PPE35 2168303 c.2310G>T synonymous_variant 0.88
PPE35 2170461 p.Gly51Glu missense_variant 0.46
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289329 c.-88A>G upstream_gene_variant 0.14
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2859584 p.Gln279* stop_gained 0.17
pepQ 2860317 c.102A>G synonymous_variant 0.11
Rv2752c 3064745 p.Thr483Ala missense_variant 0.11
Rv2752c 3064781 p.Gly471Cys missense_variant 0.25
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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Rv3236c 3613002 c.112_114delTTG conservative_inframe_deletion 0.33
alr 3840263 c.1158C>T synonymous_variant 0.93
clpC1 4040330 c.375C>G synonymous_variant 0.11
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clpC1 4040387 c.318A>G synonymous_variant 0.11
clpC1 4040393 c.312G>C synonymous_variant 0.1
embC 4240172 p.Val104Met missense_variant 0.1
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 0.89
embC 4242848 p.Pro996Thr missense_variant 0.11
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