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Run: SRR6046541

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Run ID: SRR6046541

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:18:37

Number of reads: 7261

Percentage reads mapped: 0.32

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.67
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.67
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.67
rpoB 762905 p.Asp1033Glu missense_variant 0.67
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.67
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 1.0
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781805 c.246G>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781835 c.276T>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781838 c.279G>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781841 c.282C>G synonymous_variant 1.0
rpsL 781859 c.300T>G synonymous_variant 1.0
rpsL 781865 c.306G>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781868 c.309T>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781871 c.312G>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781877 c.318T>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781892 c.333A>G synonymous_variant 1.0
rpsL 781898 c.339A>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781907 c.348T>G synonymous_variant 1.0
rpsL 781916 c.357T>G synonymous_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472812 n.967A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473201 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473263 n.1418A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473266 n.1421A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473282 n.1438_1440delTAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473288 n.1443C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473310 n.1465T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473388 n.-270G>T upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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