Run ID: SRR6896576
Sample name:
Date: 04-04-2023 18:10:28
Number of reads: 224574
Percentage reads mapped: 32.3
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5304 | p.Gly22Val | missense_variant | 0.12 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8260 | p.Arg320His | missense_variant | 0.14 |
gyrA | 8943 | p.Gly548Trp | missense_variant | 0.13 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 762939 | p.Met1045Leu | missense_variant | 0.13 |
rpoB | 762942 | p.Ile1046Val | missense_variant | 0.13 |
rpoC | 762965 | c.-405T>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoC | 762980 | c.-390T>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 764911 | c.1542A>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764914 | p.Met515Ile | missense_variant | 0.15 |
rpoC | 764918 | p.Val517Ile | missense_variant | 0.14 |
rpoC | 764935 | c.1566T>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764948 | c.1579_1581delTTGinsCTC | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 764953 | c.1584G>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764956 | c.1587T>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764958 | p.Glu530Ala | missense_variant | 0.14 |
rpoC | 764962 | c.1593G>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764968 | c.1599T>C | synonymous_variant | 0.14 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777801 | p.Ile227Thr | missense_variant | 0.25 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472235 | n.390G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472240 | n.395G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472242 | n.397C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472243 | n.398G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472253 | n.408G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472256 | n.411T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472349 | n.504A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472390 | n.545T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472596 | n.751G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472598 | n.753A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472614 | n.769G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472665 | n.820G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472669 | n.824_825insTAGG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472695 | n.850C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472707 | n.862A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472714 | n.869A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472734 | n.889C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472741 | n.896G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472786 | n.941C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472870 | n.1025T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472887 | n.1042G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472982 | n.1137G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472987 | n.1142G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472996 | n.1151T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1473053 | n.1208T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473070 | n.1225G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473081 | n.1236C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473084 | n.1239T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473097 | n.1252G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473099 | n.1254T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473100 | n.1255G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473102 | n.1257C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473107 | n.1262G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473109 | n.1264T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473115 | n.1270G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473122 | n.1277T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473123 | n.1278A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473127 | n.1282G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473130 | n.1285G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473131 | n.1286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473139 | n.1294T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473198 | n.1354delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473201 | n.1356A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473202 | n.1357C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475538 | n.1881T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476229 | n.2572C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476268 | n.2611A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476275 | n.2618T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476279 | n.2622G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476301 | n.2644A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476356 | n.2699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476383 | n.2726T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476384 | n.2727G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476517 | n.2860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
fabG1 | 1674183 | c.744A>T | stop_lost&splice_region_variant | 0.25 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2517980 | c.-135C>T | upstream_gene_variant | 0.14 |
eis | 2714171 | p.Ala388Thr | missense_variant | 0.15 |
eis | 2715146 | p.Leu63Met | missense_variant | 0.12 |
Rv2752c | 3065302 | p.Pro297His | missense_variant | 0.29 |
Rv2752c | 3065638 | p.Leu185Pro | missense_variant | 0.14 |
thyA | 3073772 | p.Asp234Asn | missense_variant | 0.2 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3449069 | c.568delG | frameshift_variant | 0.29 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 1.0 |
fbiB | 3641650 | p.Trp39Leu | missense_variant | 0.17 |
alr | 3840573 | p.Leu283Pro | missense_variant | 0.14 |
panD | 4044010 | p.Ala91Gly | missense_variant | 0.18 |
embC | 4241435 | c.1575delC | frameshift_variant | 0.17 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4243790 | c.558G>A | synonymous_variant | 0.33 |
embA | 4245320 | c.2088C>A | synonymous_variant | 0.2 |
embB | 4247606 | p.Leu365Val | missense_variant | 0.22 |
embB | 4248317 | p.Val602Pro | missense_variant | 0.13 |
embB | 4248320 | p.Gly603Thr | missense_variant | 0.12 |
aftB | 4267647 | p.Asp397Gly | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4269111 | c.-275C>T | upstream_gene_variant | 0.22 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407620 | p.Tyr195His | missense_variant | 1.0 |
gid | 4407909 | c.294C>T | synonymous_variant | 0.25 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |