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Run: SRR6896576
Summary

Run ID: SRR6896576

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:10:28

Number of reads: 224574

Percentage reads mapped: 32.3

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5304 p.Gly22Val missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8260 p.Arg320His missense_variant 0.14
gyrA 8943 p.Gly548Trp missense_variant 0.13
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 0.13
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 0.13
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764911 c.1542A>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764914 p.Met515Ile missense_variant 0.15
rpoC 764918 p.Val517Ile missense_variant 0.14
rpoC 764935 c.1566T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764948 c.1579_1581delTTGinsCTC synonymous_variant 0.13
rpoC 764953 c.1584G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764956 c.1587T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764958 p.Glu530Ala missense_variant 0.14
rpoC 764962 c.1593G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764968 c.1599T>C synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 777801 p.Ile227Thr missense_variant 0.25
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
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rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
fabG1 1674183 c.744A>T stop_lost&splice_region_variant 0.25
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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eis 2715146 p.Leu63Met missense_variant 0.12
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