TB-Profiler result

Run: ERR10796586
Summary

Run ID: ERR10796586

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:01

Number of reads: 3009

Percentage reads mapped: 99.77

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476209 n.2552A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rpsA 1834189 c.648G>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834195 c.654G>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834234 c.693G>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834240 c.699T>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834246 c.705G>T synonymous_variant 1.0
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834258 c.717G>A synonymous_variant 1.0