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Run: ERR2041685
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Run ID: ERR2041685

Sample name:

Date: 18-08-2022 09:23:38

Number of reads: 1339544

Percentage reads mapped: 73.76

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289222 p.Val7Gly missense_variant 1.0 pyrazinamide
ethA 4326707 p.Trp256* stop_gained 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764916 p.Leu516Pro missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472970 n.1125C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473052 n.1207G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474613 n.956T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474662 n.1005C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474664 n.1007G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474666 n.1009T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474670 n.1013C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474679 n.1022G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474684 n.1027T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474687 n.1030C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476213 n.2556G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
fabG1 1673380 c.-60C>G upstream_gene_variant 0.19
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
ald 3086731 c.-89A>G upstream_gene_variant 0.98
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243346 c.114A>G synonymous_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0