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Run: ERR4187652
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Run ID: ERR4187652

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:40:02

Number of reads: 13693

Percentage reads mapped: 0.85

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760946 c.1140A>G synonymous_variant 1.0
rpoB 760953 p.Ile383Val missense_variant 1.0
rpoB 760958 c.1152G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760959 p.Val385Thr missense_variant 1.0
rpoB 760965 p.Met387Leu missense_variant 1.0
rpoB 760970 c.1164G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760973 c.1167G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760982 c.1176G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760985 c.1179G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760991 c.1185G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760997 c.1191G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761006 c.1200C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761013 p.Val403Ile missense_variant 1.0
rpoB 761027 c.1221A>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761046 p.Ile414Val missense_variant 1.0
rpoB 761051 c.1245G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471886 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472096 n.251T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472118 n.273A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472164 n.319G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472177 n.332C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472287 n.442C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472299 n.454T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472314 n.469A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472337 n.492C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472645 n.800G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472778 n.933C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472896 n.1051T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472911 n.1066T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472918 n.1073A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473870 n.213G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474555 n.898T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476322 n.2665C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476336 n.2679C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476413 n.2756A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476428 n.2771C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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