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Run: ERR4814507
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Run ID: ERR4814507

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:20:13

Number of reads: 4585081

Percentage reads mapped: 96.18

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3068089 c.-144C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0