Run ID: ERR4814775
Sample name:
Date: 01-04-2023 13:29:12
Number of reads: 3490383
Percentage reads mapped: 91.44
Strain: lineage1.1.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage1 | Indo-Oceanic | EAI | RD239 | 1.0 |
lineage1.1 | Indo-Oceanic | EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 | RD239 | 1.0 |
lineage1.1.2 | Indo-Oceanic | EAI3;EAI5 | RD239 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
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gyrB | 6124 | c.885C>T | synonymous_variant | 1.0 |
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gyrA | 9143 | c.1842T>C | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
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mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
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katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
katG | 2155383 | c.729C>T | synonymous_variant | 1.0 |
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Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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thyX | 3067491 | p.Ala152Val | missense_variant | 1.0 |
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fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3474597 | c.591C>A | synonymous_variant | 1.0 |
fprA | 3475159 | p.Asn385Asp | missense_variant | 1.0 |
fbiA | 3640446 | c.-97A>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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aftB | 4269606 | c.-770T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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whiB6 | 4338603 | c.-82C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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gid | 4407873 | c.330G>T | synonymous_variant | 1.0 |