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Run: ERR4816227
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Run ID: ERR4816227

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:18:46

Number of reads: 1352434

Percentage reads mapped: 85.86

Strain: lineage3

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.12 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761147 c.1341C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 764575 c.1206T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.26
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764632 c.1263T>A synonymous_variant 0.21
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.19
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.19
rpoC 764683 c.1314G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.12
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