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Run: ERR4816458
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Run ID: ERR4816458

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:26:33

Number of reads: 2351898

Percentage reads mapped: 71.0

Strain: lineage1.2.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 1.0
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 8668 p.Ala456Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473201 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473290 n.1445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473736 n.79C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475154 n.1497C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476548 n.2891T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168742 p.Gly624Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2222398 p.Ile256Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
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embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326148 c.1326G>T synonymous_variant 1.0
ethA 4326439 p.Asn345Lys missense_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407742 p.Arg154Pro missense_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0