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Run: ERR4816696

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Run ID: ERR4816696

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:34:45

Number of reads: 4158282

Percentage reads mapped: 94.7

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49 streptomycin
gid 4407816 c.386delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.99
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474928 n.1271C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
ddn 3986818 c.-26G>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0