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Run: ERR4818188
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Run ID: ERR4818188

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Date: 01-04-2023 15:25:11

Number of reads: 2104534

Percentage reads mapped: 73.83

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.97
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476528 n.2871A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476543 n.2886G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2859571 p.Asp283Gly missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4247050 c.537C>T synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407777 p.Leu142Phe missense_variant 1.0
gid 4407935 p.Leu90Phe missense_variant 1.0