TB-Profiler result

Run: ERR4818825
Summary

Run ID: ERR4818825

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:46:16

Number of reads: 815184

Percentage reads mapped: 89.92

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: HR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2154799 p.Trp438* stop_gained 0.11 isoniazid
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575423 p.Arg26Cys missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.11
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777600 p.Asp294Gly missense_variant 0.15
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.25
rrl 1473862 n.205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473887 n.230T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473896 n.239C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473918 n.261C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473922 n.265A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
fabG1 1674179 p.His247Arg missense_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2101787 p.Val419Gly missense_variant 0.22
PPE35 2167865 c.2748G>C synonymous_variant 0.11
PPE35 2167965 p.Ala883Gly missense_variant 0.22
PPE35 2167967 c.2646A>C synonymous_variant 0.21
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.21
folC 2747688 c.-90G>A upstream_gene_variant 0.14
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087330 p.Val171Leu missense_variant 0.13
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612679 c.438G>A synonymous_variant 0.13
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407991 p.Gly71Glu missense_variant 1.0