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Run: ERR4819377
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Run ID: ERR4819377

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:04:31

Number of reads: 1154320

Percentage reads mapped: 79.44

Strain: lineage4;lineage3.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.96
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.08
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 0.97
lineage3.1.2.1 East-African-Indian CAS2 RD750 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95 streptomycin
ethA 4327379 c.94delT frameshift_variant 0.1 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6612 p.Val458Ala missense_variant 0.15
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.83
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8528 c.1227G>A synonymous_variant 0.15
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.92
fgd1 491072 c.293dupC frameshift_variant 0.11
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.93
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 761534 c.1732delC frameshift_variant 0.15
rpoB 762212 c.2406G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.11
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.11
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762266 c.2460T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.92
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.11
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764551 c.1182G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.15
rpoC 765903 p.Thr845Ser missense_variant 0.11
rpoC 765923 p.Asn852Ala missense_variant 0.1
rpoC 767250 p.Ser1294Asn missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.9
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.96
mmpL5 776307 p.Asp725Gly missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.94
rpsL 781774 p.His72Leu missense_variant 0.13
rplC 800695 c.-114A>G upstream_gene_variant 0.11
fbiC 1303517 p.Met196Thr missense_variant 0.18
Rv1258c 1407511 c.-171T>C upstream_gene_variant 0.95
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473017 n.1172A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473437 n.-221T>C upstream_gene_variant 0.15
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474765 n.1108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474826 n.1169T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476458 n.2801T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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