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Run: ERR4820187
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Run ID: ERR4820187

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:32:09

Number of reads: 2967486

Percentage reads mapped: 56.21

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98 streptomycin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473675 n.18C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834836 p.Met432Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2156196 c.-85C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 0.98
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
folC 2746340 p.Ala420Val missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878534 c.-27C>T upstream_gene_variant 0.15
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0