Run ID: ERR4820187
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:32:09
Number of reads: 2967486
Percentage reads mapped: 56.21
Strain: lineage4.3.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.3 | Euro-American (LAM) | LAM;T | RD115 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8040 | p.Gly247Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472498 | n.653C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472670 | n.825G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472673 | n.828T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472673 | n.828T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472675 | n.830T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472677 | n.832C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472681 | n.837_838delTT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472687 | n.842_843insC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472687 | n.843dupT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472988 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473161 | n.1316A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473164 | n.1319C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473199 | n.1356delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473249 | n.1404T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473255 | n.1410A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473260 | n.1415G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1473675 | n.18C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474824 | n.1167A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474830 | n.1173A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475104 | n.1447T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475114 | n.1457C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475124 | n.1467A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475783 | n.2126T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476141 | n.2484A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476153 | n.2496T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476165 | n.2508T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476227 | n.2570C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476229 | n.2572C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rpsA | 1834836 | p.Met432Thr | missense_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2156196 | c.-85C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 0.98 |
kasA | 2518919 | p.Gly269Ser | missense_variant | 1.0 |
folC | 2746340 | p.Ala420Val | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoA | 3878534 | c.-27C>T | upstream_gene_variant | 0.15 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |