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Run: ERR4820572
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Run ID: ERR4820572

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:45:23

Number of reads: 1520017

Percentage reads mapped: 88.06

Strain: lineage1.2.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.1 Indo-Oceanic EAI2 RD239 1.0
lineage1.2.1.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
lineage1.2.1.2.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4326026 c.1447delA frameshift_variant 0.12 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9260 c.1959G>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575368 c.21T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777403 p.Val360Met missense_variant 0.91
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406312 c.1029T>C synonymous_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
atpE 1460907 c.-138T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474639 n.982G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
inhA 1674162 c.-40C>T upstream_gene_variant 1.0
inhA 1674380 p.Leu60Pro missense_variant 0.11
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.13
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
kasA 2519048 p.Gly312Ser missense_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339417 c.300A>G synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
whiB7 3568488 c.191delG frameshift_variant 1.0
fbiB 3640557 c.-978T>C upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243580 c.348G>A synonymous_variant 1.0
embA 4244420 c.1188G>C synonymous_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247578 c.1065G>A synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4266996 p.Gly614Glu missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269864 c.-32delG upstream_gene_variant 0.98
whiB6 4338361 p.Arg54Gln missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0