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Run: ERR4820827
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Run ID: ERR4820827

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:54:09

Number of reads: 943725

Percentage reads mapped: 56.24

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethR 4327876 p.Phe110Leu missense_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762956 c.-414G>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762968 c.-402G>A upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763415 p.Thr16Ala missense_variant 0.11
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.15
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776449 p.Glu678Lys missense_variant 0.12
mmpL5 779277 c.-797C>T upstream_gene_variant 0.17
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781667 c.108C>T synonymous_variant 0.11
rpsL 781682 c.123T>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781703 c.144G>A synonymous_variant 0.14
rpsL 781706 c.147T>G synonymous_variant 0.13
rpsL 781709 c.150G>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781751 c.192G>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781754 c.195G>A synonymous_variant 0.12
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.22
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.25
rpsL 781772 c.213C>T synonymous_variant 0.29
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.33
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.29
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.18
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.17
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.17
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.17
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.13
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.13
rpsL 781838 c.279G>T synonymous_variant 0.14
rplC 800889 c.81C>A synonymous_variant 1.0
Rv1258c 1406898 p.Ala148Glu missense_variant 0.14
atpE 1461248 c.204G>T synonymous_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rpsA 1833786 p.Val82Asp missense_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103035 p.Pro3Leu missense_variant 1.0
PPE35 2168303 c.2310G>T synonymous_variant 1.0
PPE35 2168454 p.Val720Ala missense_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
eis 2714884 p.His150Arg missense_variant 0.1
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642546 p.Gly338Ser missense_variant 1.0
alr 3840263 c.1158C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039042 p.Ser555Thr missense_variant 0.11
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
aftB 4267091 c.1746C>A synonymous_variant 1.0
ethA 4327680 c.-207A>G upstream_gene_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0