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Run: ERR4821341
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Run ID: ERR4821341

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:11:56

Number of reads: 1419329

Percentage reads mapped: 83.8

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5624 p.Asn129Asp missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8343 p.Ile348Val missense_variant 0.11
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759911 p.Phe35Leu missense_variant 0.11
rpoB 761700 p.Ala632Ser missense_variant 0.11
rpoB 762986 p.Gln1060His missense_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.12
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.12
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.11
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.12
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.12
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.12
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.1
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.1
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.15
rpsL 781772 c.213C>T synonymous_variant 0.12
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.15
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.11
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.16
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.16
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.15
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1473581 n.-76delT upstream_gene_variant 0.25
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476594 n.2937C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476603 n.2946G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
fabG1 1673294 c.-146C>A upstream_gene_variant 0.12
fabG1 1673674 p.Gln79* stop_gained 0.19
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154674 p.Ala480Thr missense_variant 0.2
katG 2154760 p.Gly451Asp missense_variant 0.13
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065393 p.Val267Leu missense_variant 0.12
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4327016 p.Gly153Val missense_variant 0.1
ethA 4327064 p.Cys137Phe missense_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0