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Run: ERR4821488
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Run ID: ERR4821488

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:16:51

Number of reads: 664858

Percentage reads mapped: 95.07

Strain: lineage4.1.3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.3 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6797 p.Gly520Ser missense_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9557 c.2256G>C synonymous_variant 1.0
mshA 576324 p.Thr326Met missense_variant 0.11
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.17
rpoC 763642 c.273G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.19
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764343 p.Arg325His missense_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781421 c.-139C>A upstream_gene_variant 0.97
fbiC 1304610 c.1680C>T synonymous_variant 1.0
Rv1258c 1406627 c.714G>A synonymous_variant 0.11
Rv1258c 1406943 c.397_398insGC frameshift_variant 0.13
Rv1258c 1406946 p.Ala132Gly missense_variant 0.13
Rv1258c 1406948 c.391_392delGC frameshift_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.12
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746524 p.Ala359Thr missense_variant 0.18
thyX 3067657 p.Arg97Trp missense_variant 0.17
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039411 p.Arg432Ser missense_variant 0.1
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
aftB 4268045 c.792C>T synonymous_variant 0.1
ethR 4326865 c.-684C>G upstream_gene_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0