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Run: ERR4821572
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Run ID: ERR4821572

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:19:47

Number of reads: 692828

Percentage reads mapped: 87.71

Strain: lineage2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.1 East-Asian (non-Beijing) None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.93
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.4
rpoB 762567 p.Asn921Tyr missense_variant 0.13
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.18
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763708 c.339G>A synonymous_variant 0.17
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.13
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.13
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.13
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.13
rpoC 763781 p.Ser138Glu missense_variant 0.12
rpoC 764386 c.1017C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764408 p.Val347Leu missense_variant 0.14
rpoC 764455 c.1086G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764524 c.1155C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.28
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.3
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.28
rpoC 764551 c.1182G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.27
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.27
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.27
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.26
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.26
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777020 c.1461G>A synonymous_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304443 p.Ala505Thr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.38
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474468 n.811G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474479 n.822A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474806 n.1149A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474819 n.1162T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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