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Run: ERR4821791
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Run ID: ERR4821791

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:27:14

Number of reads: 1746111

Percentage reads mapped: 71.3

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155169 p.Ser315Gly missense_variant 0.1 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762011 c.2205G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.11
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.1
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777103 p.Ala460Pro missense_variant 0.13
mmpL5 778072 p.Thr137Ala missense_variant 0.11
mmpL5 778327 p.Gln52* stop_gained 0.12
mmpR5 779096 p.Ala36Val missense_variant 0.2
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471866 n.21C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476629 n.2972C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
inhA 1674490 p.Phe97Leu missense_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.97
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
folC 2746861 c.738G>C synonymous_variant 0.1
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087042 p.Lys75Glu missense_variant 0.11
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612503 p.His205Pro missense_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0