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Run: ERR6197026
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Run ID: ERR6197026

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:33

Number of reads: 42889

Percentage reads mapped: 12.03

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 1.0 rifampicin
rpoB 761196 p.Leu464Met missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5617 c.378G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761132 c.1326G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761147 c.1341C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761150 c.1344A>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761156 c.1350G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761159 c.1353G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 761168 c.1362C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761186 p.Glu460Asp missense_variant 1.0
rpoB 761192 c.1386C>A synonymous_variant 1.0
rpoB 761201 c.1395G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 761204 c.1398C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761207 c.1401C>A synonymous_variant 1.0
rpoB 761213 c.1407G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761219 c.1413G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761231 c.1425C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761234 c.1428G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761243 c.1437G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761246 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 766524 p.Arg1052Pro missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472785 n.940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472805 n.960C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472806 n.961A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472824 n.979T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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