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Run: SRR10808722
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Run ID: SRR10808722

Sample name:

Date: 02-04-2023 19:07:08

Number of reads: 4163830

Percentage reads mapped: 90.1

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.23
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1461028 c.-17T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472970 n.1125C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476229 n.2572C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448500 c.-4A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448501 c.-3G>T upstream_gene_variant 1.0
alr 3840764 c.657G>C synonymous_variant 1.0
embC 4242257 p.Val799Met missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.15
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0