Run ID: SRR11349137
Sample name:
Date: 02-04-2023 20:52:23
Number of reads: 5291238
Percentage reads mapped: 92.28
Strain: lineage4.4.1.1.1
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.4 | Euro-American | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1 | Euro-American (S-type) | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1.1 | Euro-American | S;Orphans | None | 1.0 |
lineage4.4.1.1.1 | Euro-American | S;Orphans | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761277 | p.Ile491Phe | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 | streptomycin |
rrl | 1476471 | n.2814G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 | linezolid |
pncA | 2289031 | p.His71Tyr | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
embA | 4243222 | c.-11C>A | upstream_gene_variant | 0.91 | ethambutol |
embB | 4247730 | p.Gly406Ala | missense_variant | 0.98 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 0.99 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 0.99 |
gyrA | 9158 | c.1857C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.36 |
rpoC | 765513 | p.Lys715Thr | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472670 | n.825G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472673 | n.828T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472675 | n.830T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472677 | n.832C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472681 | n.837_838delTT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472687 | n.842_843insC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472816 | n.971A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474753 | n.1097delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474794 | n.1137C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474797 | n.1140G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474798 | n.1141C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474799 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474801 | n.1144G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474804 | n.1147C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474812 | n.1155G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474824 | n.1167A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474839 | n.1182C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474869 | n.1212G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474892 | n.1235G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475870 | n.2213G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102990 | p.Val18Ala | missense_variant | 1.0 |
katG | 2155567 | p.Gly182Glu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169840 | p.Gly258Asp | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726142 | c.-51G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiD | 3339734 | p.Ala206Gly | missense_variant | 0.39 |
fbiD | 3339739 | p.Ala208Thr | missense_variant | 0.12 |
Rv3083 | 3448608 | c.105G>A | synonymous_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612665 | p.Val151Ala | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4246584 | p.Arg24Pro | missense_variant | 0.26 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |