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Run: SRR1173416
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Run ID: SRR1173416

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:24:30

Number of reads: 87110

Percentage reads mapped: 4.54

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6423 p.Trp395Leu missense_variant 0.25
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9478 p.Ala726Val missense_variant 1.0
gyrA 9587 p.Leu762Phe missense_variant 0.67
rpoC 762893 c.-477C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.8
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.75
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.75
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.75
rpoB 762925 p.Thr1040Ile missense_variant 0.75
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.75
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 0.75
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 0.75
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 0.86
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.71
rpoC 762989 c.-381G>T upstream_gene_variant 0.71
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.43
rpoC 762998 c.-372G>A upstream_gene_variant 0.33
rpoC 763459 p.Lys30Asn missense_variant 0.4
rpoC 763484 p.Leu39Ile missense_variant 0.33
rpoC 763489 p.Lys40Asn missense_variant 0.33
mmpL5 776933 p.Gln516His missense_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471664 n.-182C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471672 n.-174G>T upstream_gene_variant 0.29
rrs 1471775 n.-71G>T upstream_gene_variant 0.29
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472264 n.419T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472266 n.421C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472681 n.836C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472812 n.967A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472823 n.978C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473149 n.1304G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473162 n.1317C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473568 n.-90G>T upstream_gene_variant 0.22
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475894 n.2237C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475904 n.2247G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476336 n.2679C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476356 n.2699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476357 n.2700T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476384 n.2727G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476428 n.2771C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2168162 c.2451C>A synonymous_variant 0.67
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222012 p.Gln385Lys missense_variant 0.2
Rv1979c 2222280 c.885C>A synonymous_variant 0.25
Rv1979c 2222798 p.Pro123Thr missense_variant 0.25
Rv1979c 2223115 p.Cys17Phe missense_variant 0.29
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 1.0
Rv2752c 3064806 c.1386G>T synonymous_variant 0.67
thyX 3067580 p.Met122Ile missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448984 p.Gly161Cys missense_variant 1.0
fbiA 3640362 c.-181C>T upstream_gene_variant 1.0
ddn 3987165 p.Asp108Tyr missense_variant 0.67
clpC1 4039634 p.Glu357Asp missense_variant 0.67
embC 4242255 p.Pro798Gln missense_variant 1.0
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embA 4243700 c.468C>A synonymous_variant 1.0
embB 4246904 p.Val131Met missense_variant 1.0
embB 4249087 c.2574C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267312 p.Gly509Trp missense_variant 0.67
ubiA 4268929 p.Gly302Ala missense_variant 0.5
ethA 4326666 p.Arg270Ser missense_variant 0.67