Run ID: SRR19303784
Sample name:
Date: 03-04-2023 21:06:38
Number of reads: 2708340
Percentage reads mapped: 94.17
Strain: lineage4.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.2 | Euro-American | H;T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.2.1 | Euro-American (TUR) | H3;H4 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7623 | p.Pro108Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
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Rv1258c | 1406247 | p.Leu365Ser | missense_variant | 1.0 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2155371 | c.741C>T | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169879 | p.Phe245Cys | missense_variant | 1.0 |
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Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pepQ | 2860159 | p.Ala87Gly | missense_variant | 0.25 |
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fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612113 | c.1003dupG | frameshift_variant | 1.0 |
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whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |