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Run: SRR22424851
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Run ID: SRR22424851

Sample name:

Date: 04-04-2023 04:14:10

Number of reads: 1181679

Percentage reads mapped: 68.17

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155167 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288769 c.472dupG frameshift_variant 1.0 pyrazinamide, pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 8164 p.Ala288Asp missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762633 p.Ala943Thr missense_variant 1.0
rpoC 763511 p.Cys48Gly missense_variant 0.11
rpoC 763517 p.Lys50Gln missense_variant 0.11
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.14
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.15
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.16
rpoC 763633 c.264T>A synonymous_variant 0.19
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763702 c.333C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763711 c.342G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 767123 p.Val1252Met missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472287 n.442C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472425 n.580T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472460 n.615T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472827 n.982G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472847 n.1002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472862 n.1017T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472865 n.1020C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472869 n.1024G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472870 n.1025T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472878 n.1034delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473108 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473118 n.1273T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473134 n.1289T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473245 n.1400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474812 n.1155G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475752 n.2095C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475760 n.2103C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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