Run ID: SRR6045052
Sample name:
Date: 04-04-2023 11:52:03
Number of reads: 2213864
Percentage reads mapped: 87.35
Strain: lineage4.2.1.1
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.2 | Euro-American | H;T;LAM | None | 0.98 |
lineage4.2.1 | Euro-American (TUR) | H3;H4 | None | 0.97 |
lineage4.2.1.1 | Euro-American (TUR) | H3;H4 | None | 0.97 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 0.98 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 0.98 | isoniazid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 0.99 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 0.94 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777451 | p.Val344Leu | missense_variant | 0.96 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 0.98 |
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gid | 4408213 | c.-11C>T | upstream_gene_variant | 0.96 |