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Run: SRR6045164
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Run ID: SRR6045164

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:53:50

Number of reads: 1103321

Percentage reads mapped: 48.23

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472955 n.1110C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472991 n.1146G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rpsA 1834302 p.Val254Gly missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170147 p.Ser156Ala missense_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2859996 c.423G>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3640662 c.-873A>G upstream_gene_variant 1.0
alr 3840713 c.708C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0