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Run: SRR6045599
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Run ID: SRR6045599

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:02:02

Number of reads: 825153

Percentage reads mapped: 60.78

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576248 p.Pro301Ala missense_variant 0.12
ccsA 619775 c.-116G>A upstream_gene_variant 0.12
ccsA 620130 c.240G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 762731 c.-639G>A upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762797 c.-573C>T upstream_gene_variant 0.11
rpoC 764004 p.Ala212Val missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473194 n.1349A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474848 n.1191G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.28
PPE35 2169910 p.Asn235Tyr missense_variant 0.33
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746660 c.938delT frameshift_variant 0.15
folC 2746921 c.678T>A synonymous_variant 0.12
ribD 2987302 p.Arg155Gln missense_variant 0.17
Rv3236c 3612390 p.Gly243Ser missense_variant 1.0
alr 3841546 c.-126C>A upstream_gene_variant 0.12
clpC1 4040182 p.Gly175Ser missense_variant 0.13
embC 4241194 c.1332C>A synonymous_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244669 c.1437G>A synonymous_variant 0.17
embB 4246729 c.216C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267935 c.901delG frameshift_variant 0.29
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0