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Run: SRR7755706
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Run ID: SRR7755706

Sample name:

Date: 04-04-2023 20:15:59

Number of reads: 2404162

Percentage reads mapped: 54.95

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288820 p.Gln141Pro missense_variant 0.13 pyrazinamide
pncA 2289252 c.-11A>G upstream_gene_variant 0.91 pyrazinamide
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4247402 p.Ser297Ala missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491247 c.465C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576590 c.1246delG frameshift_variant 0.17
ccsA 619969 p.Val27Ile missense_variant 1.0
rpoB 762930 p.Pro1042Ser missense_variant 0.12
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 0.18
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762989 c.-381G>T upstream_gene_variant 0.23
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.12
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.12
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.12
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763034 c.-336C>G upstream_gene_variant 0.1
rpoC 764536 c.1167G>A synonymous_variant 0.12
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473518 n.-139delT upstream_gene_variant 0.11
rrl 1475517 n.1860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475551 n.1894T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476703 n.3046G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
PPE35 2170400 c.212delC frameshift_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518512 c.403delC frameshift_variant 0.12
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.21
ribD 2987544 c.709delC frameshift_variant 0.11
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.11
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.22
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243225 c.-8C>A upstream_gene_variant 0.96
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4326534 p.Thr314Ala missense_variant 0.12
ethA 4326632 p.His281Pro missense_variant 1.0
ethR 4327723 p.Pro59Ser missense_variant 0.13
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0