Run ID: ERR1035316
Sample name:
Date: 31-03-2023 10:10:58
Number of reads: 4822851
Percentage reads mapped: 97.76
Strain: lineage4.3.2
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.2 | Euro-American (LAM) | LAM3 | None | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 0.97 | isoniazid |
pncA | 2289029 | p.His71Gln | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472042 | n.197T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
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rrl | 1476086 | n.2429G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
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rrl | 1476095 | n.2438C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476115 | n.2458T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476257 | n.2600G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169320 | p.Leu431Phe | missense_variant | 0.38 |
PPE35 | 2169994 | p.Leu207Val | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
folC | 2746151 | p.Gly483Asp | missense_variant | 0.12 |
folC | 2746184 | p.Val472Ala | missense_variant | 0.12 |
folC | 2746486 | p.Asp371Glu | missense_variant | 0.12 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3087659 | c.840G>A | synonymous_variant | 0.14 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
alr | 3841441 | c.-21C>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
ddn | 3986943 | p.Gly34Arg | missense_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |