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Run: ERR10796554
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Run ID: ERR10796554

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:20

Number of reads: 3663395

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576450 p.Pro368Leu missense_variant 1.0
rpoB 761942 c.2136C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766529 p.Arg1054Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417140 p.Ala70Ser missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
fabG1 1673249 c.-191C>T upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2747022 p.Val193Ile missense_variant 1.0
ald 3086750 c.-70A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448894 p.Tyr131Asp missense_variant 1.0
Rv3083 3449642 p.Asn380Ser missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641164 p.Ile208Val missense_variant 1.0
embC 4240906 c.1044C>T synonymous_variant 0.14
embC 4240955 p.Pro365Thr missense_variant 0.12
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embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24His missense_variant 0.15
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0