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Run: ERR10796556
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Run ID: ERR10796556

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Date: 31-03-2023 11:11:23

Number of reads: 13712180

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576527 p.Glu394Lys missense_variant 0.15
ccsA 620209 c.323delG frameshift_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766300 c.2931C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102445 p.Ala200Thr missense_variant 0.15
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2519167 c.1053T>C synonymous_variant 0.11
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
thyA 3074512 c.-41G>A upstream_gene_variant 0.17
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
fbiB 3642398 c.864C>A synonymous_variant 0.11
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 1.0
embC 4240942 p.Ser360Arg missense_variant 0.15
embC 4242360 p.Asn833Ile missense_variant 0.13
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244851 p.Arg540Gln missense_variant 0.14
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0