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Run: ERR3273119
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Run ID: ERR3273119

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:12:03

Number of reads: 1957176

Percentage reads mapped: 81.91

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.99
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
katG 2154014 p.Ser700Pro missense_variant 0.49 isoniazid
katG 2155412 p.Gly234Arg missense_variant 0.47 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761241 p.Pro479Ala missense_variant 0.35
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
rpoC 764841 p.Ile491Ser missense_variant 0.23
rpoC 766628 p.Arg1087Trp missense_variant 0.31
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472953 n.1109_1112delTCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472959 n.1114_1115insTTTA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.97
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 0.95
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.98
ethA 4326676 p.Ser266Arg missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0