Run ID: ERR4814767
Sample name:
Date: 01-04-2023 13:28:45
Number of reads: 720790
Percentage reads mapped: 83.85
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.93 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 0.92 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
ethA | 4327271 | c.-2529_202del | frameshift_variant&start_lost | 1.0 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 7222 | c.1986delT | frameshift_variant | 0.13 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 759620 | c.-187A>C | upstream_gene_variant | 0.21 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rpoC | 764626 | c.1257C>T | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764632 | c.1263T>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764650 | c.1281G>T | synonymous_variant | 0.15 |
rpoC | 764653 | c.1284G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764662 | c.1293G>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764706 | p.Leu446Gln | missense_variant | 0.13 |
rpoC | 764713 | c.1344G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764731 | c.1362G>C | synonymous_variant | 0.1 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
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rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rpsA | 1833949 | c.408T>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpsA | 1833970 | c.429G>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpsA | 1833976 | c.435C>T | synonymous_variant | 0.14 |
rpsA | 1833979 | c.438T>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpsA | 1833994 | c.453G>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpsA | 1833997 | c.456G>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpsA | 1834012 | c.471G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpsA | 1834015 | c.474G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpsA | 1834040 | p.Lys167Gln | missense_variant | 0.12 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
katG | 2155032 | c.1080T>A | synonymous_variant | 0.12 |
katG | 2155460 | p.Asn218Asp | missense_variant | 0.12 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2290178 | c.-937A>T | upstream_gene_variant | 0.14 |
eis | 2714992 | p.Pro114Arg | missense_variant | 0.1 |
folC | 2746367 | c.1231delG | frameshift_variant | 0.14 |
ald | 3086731 | c.-89A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB7 | 3568742 | c.-63C>A | upstream_gene_variant | 0.1 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 1.0 |
fbiB | 3642669 | p.Ala379Thr | missense_variant | 0.11 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243346 | c.114A>G | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
aftB | 4267647 | p.Asp397Gly | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4268521 | p.Tyr106His | missense_variant | 0.15 |
aftB | 4268528 | c.309C>T | synonymous_variant | 0.17 |
whiB6 | 4338371 | p.Thr51Pro | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |