TB-Profiler result

Run: ERR4814874
Summary

Run ID: ERR4814874

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:32:29

Number of reads: 874263

Percentage reads mapped: 89.51

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: MDR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.12 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155843 p.Trp90* stop_gained 0.12 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8421 p.Val374Leu missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576750 p.Lys468Thr missense_variant 0.18
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.18
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.27
rpoB 760490 c.684C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.14
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761990 c.2184G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762003 p.Asn733His missense_variant 0.12
rpoB 762009 p.Leu735Val missense_variant 0.12
rpoB 762024 p.Val740Met missense_variant 0.12
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.12
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.12
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.1
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776395 p.Phe696Leu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472886 n.1041G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476339 n.2682G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
inhA 1673510 c.-692A>G upstream_gene_variant 0.13
rpsA 1833721 c.180A>G synonymous_variant 0.1
rpsA 1833742 c.201A>G synonymous_variant 0.1
rpsA 1834231 c.690T>G synonymous_variant 0.14
tlyA 1917765 c.-175G>A upstream_gene_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918066 p.Ala43Pro missense_variant 0.33
ndh 2101955 p.Gln363Ser missense_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167701 p.Ala971Gly missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
Rv3236c 3612662 p.Leu152Pro missense_variant 0.11
fbiB 3640558 c.-977C>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039484 c.1221T>G synonymous_variant 0.31
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
panD 4044388 c.-107G>A upstream_gene_variant 0.11
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embC 4241593 c.1731C>A synonymous_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4245218 c.1986C>T synonymous_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269031 p.Gly268Asp missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0