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Run: ERR4815143
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Run ID: ERR4815143

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:41:35

Number of reads: 1227395

Percentage reads mapped: 92.25

Strain: lineage4.2.2.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 761489 c.1683G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472286 n.441C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472297 n.453_461delGTCCGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472309 n.464C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472311 n.466C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472312 n.468_470delGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472328 n.483G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475765 n.2108A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476523 n.2867delC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.12
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.12
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.26
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408009 p.Val65Gly missense_variant 1.0