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Run: ERR4815278
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Run ID: ERR4815278

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:46:32

Number of reads: 1602005

Percentage reads mapped: 90.51

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472785 n.940G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472786 n.941C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473070 n.1225G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473071 n.1226C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.97
ndh 2101651 c.1392G>A splice_region_variant&stop_retained_variant 1.0
katG 2154826 p.Pro429Arg missense_variant 1.0
katG 2154828 c.1284G>C synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726142 c.-51G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064875 c.1317C>G synonymous_variant 1.0
ald 3086987 p.Gln56His missense_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474119 p.Met38Thr missense_variant 1.0
fbiB 3641031 c.-504C>T upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641477 p.Asp312Gly missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338636 c.-115C>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0