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Run: ERR4817194
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Run ID: ERR4817194

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:52:07

Number of reads: 13279080

Percentage reads mapped: 99.31

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763821 p.Leu151Arg missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472291 n.446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472896 n.1051T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473150 n.1305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475170 n.1513A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0