TB-Profiler result

Run: ERR4817435
Summary

Run ID: ERR4817435

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:59:29

Number of reads: 1794205

Percentage reads mapped: 88.49

Strain: lineage1.1.3.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472361 n.516C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474806 n.1149A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474819 n.1162T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474823 n.1166C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474824 n.1167A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476140 n.2483T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476183 n.2526A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476187 n.2530T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476261 n.2604A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
alr 3841253 c.168C>T synonymous_variant 1.0
rpoA 3877845 c.663G>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407780 c.423G>A synonymous_variant 1.0
gid 4407854 p.Gly117Trp missense_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0
whiB6 4338429 c.-218_92del frameshift_variant&start_lost 1.0