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Run: ERR4817703
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Run ID: ERR4817703

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:08:39

Number of reads: 263947

Percentage reads mapped: 34.2

Strain: lineage1.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;EAI5 RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5379 p.Trp47Ser missense_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490972 p.Arg64Ser missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762122 c.2316C>T synonymous_variant 0.25
rpoB 762134 c.2328C>A synonymous_variant 0.22
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762158 c.2352G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762167 c.2361T>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.44
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.4
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.75
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.75
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.75
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.6
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762278 c.2472C>T synonymous_variant 0.33
rpoB 762293 c.2487T>C synonymous_variant 0.38
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.67
rpoC 763708 c.339G>A synonymous_variant 0.5
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.67
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.29
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763732 c.363C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 763735 c.366G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763747 c.378G>A synonymous_variant 0.22
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.4
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.3
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764446 p.Asp359Glu missense_variant 0.22
rpoC 764455 c.1086G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.29
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.38
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.5
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.5
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.57
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.6
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.4
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.4
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.4
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304788 p.Ala620Thr missense_variant 0.67
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472256 n.411T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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