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Run: ERR4819073
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Run ID: ERR4819073

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:54:38

Number of reads: 1132030

Percentage reads mapped: 77.22

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7053 c.1815delC frameshift_variant 0.14
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491568 c.786C>T synonymous_variant 0.15
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760413 p.Gly203Arg missense_variant 0.13
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.11
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.11
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.11
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.12
rpoC 764699 p.Pro444Thr missense_variant 0.14
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766653 p.Ser1095Tyr missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781808 c.249C>T synonymous_variant 0.11
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.11
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.16
rpsL 781859 c.300T>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781868 c.309T>C synonymous_variant 0.12
fbiC 1305101 p.Asn724Ser missense_variant 0.1
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473053 n.1208T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473290 n.1445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474492 n.835A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474652 n.995T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475466 n.1809A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475745 n.2088A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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