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Run: ERR6197032

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Run ID: ERR6197032

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:43

Number of reads: 29020

Percentage reads mapped: 9.66

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.67
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 1.0
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763022 c.-348C>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763052 c.-318G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 1.0
rpoC 763085 c.-285C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763103 c.-267G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763109 c.-261C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763118 p.Glu1104Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781748 c.189C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781751 c.192G>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781754 c.195G>A synonymous_variant 1.0
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781772 c.213C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472608 n.763T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472643 n.798A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473150 n.1305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473262 n.1417T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475775 n.2118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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