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Run: ERR9117681
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Run ID: ERR9117681

Sample name:

Date: 02-04-2023 09:28:21

Number of reads: 1385427

Percentage reads mapped: 82.41

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476543 n.2886G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
inhA 1674722 p.Phe174Ser missense_variant 0.11
inhA 1674748 p.Gly183Ser missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103225 c.-183A>C upstream_gene_variant 0.21
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.22
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.22
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thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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embA 4245083 c.1851A>G synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0